Projekt für Masterarbeit

Integration und dynamische Simulation von Signalnetzwerken in humanen Zellen

Wir suchen DICH! Bist du im Masterstudiengang Biophysik oder Bioinformatik, vielleicht auch Biologie – Mathematik – Physik und interessierst dich für die Verknüpfung von biologischen Fragestellungen mit mathematischer Modellierung und Programmierung, dann lies weiter! Wir suchen eine interessierte und motivierte Persönlichkeit mit Kenntnissen in Python.

Hintergrund: Biologische Zellen verarbeiten äußere und innere Reize durch spezifische Signalnetzwerke. Diese umfassen vor allem Protein-Protein-Interaktionen, wobei diese Proteine unter anderem als Rezeptoren, Kinasen oder Phosphatasen fungieren können. Außerdem wird auch die Menge der Proteine durch Genexpression und Abbau geregelt. In zunehmendem Maße erlauben Datenbanken eine systematische Rekonstruktion von statischen Regulationsnetzwerken.

Aufgabe: Inhalt dieser Arbeit ist, zum Ersten konkrete Netzwerke, die in Krebszellen eine Rolle spielen, zu rekonstruieren. Als zweiter Schritt sollen vorhandene dynamische Modelle für die einzelnen Proteine in diese Netzwerke integriert werden. Ziel ist die Erstellung eines Templates für zelluläre Regulationsnetzwerke, welches mit dynamischen Daten an die Situation in konkreten Zelltypen angepasst werden kann und dann für die Antwort auf konkrete Stimuli Vorhersagen machen kann.

Umfeld: Die Arbeitsgruppe Theoretische Biophysik hat umfangreiche Erfahrung in der mathematischen Modellierung von zellulären Prozessen mit verschiedenen rechnerbasieren Methoden. Für das Projekt haben wir auch einen umfangreichen Datensatz als Grundlage zur Verfügung. Arbeitsplatz und Rechner werden gestellt.